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纸质出版:2009
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覃桂敏, 高 琳, 周晓锋. 非树型网络模体发现算法[J]. 电子学报, 2009,37(11):2420-2426.
QIN Gui-min, GAO Lin, ZHOU Xiao-feng. Non-Treelike Network Motif Detection Algorithm[J]. Acta Electronica Sinica, 2009, 37(11): 2420-2426.
现有的大多数网络模体发现算法发现网络中的确切模体
但是由于生物数据是不完整的
有噪声的
而且生命过程具有动态性
概率网络模体具有更实际的意义.本文提出了非树型网络模体发现算法
寻找由一组相似子图组成的概率网络模体.在该算法中
首先提出子图挖掘算法ESN挖掘网络中所有给定规模的非树型子图
然后进行多图比对
最后基于统计模型和对应的得分函数
用模拟退火算法求得网络模体.对E.coli和Yeast的基因调控网络的仿真实验表明
该算法能够高效地发现生物网络中的概率模体.
Most existing network motif discovery algorithms detect exact motifs.Because biological networks are incomplete and noise
and the life process is dynamic
probability network motifs are of great importance.In this paper
we propose a non-treelike network motif discovery algorithm
which focuses on network motifs derived from families of mutually similar but not necessarily identical patterns.In our approach
we first present a subgraph mining algorithm ESN for searching all non-treelike subgraphs of a given size.Then multiple graph alignment is performed on a set of subgraphs with a same size.Finally
a simulated annealing algorithm is used to derive network motifs
based on a statistical model and its corresponding scoring function.Experimental evaluation on transcriptional regulatory networks of E.coli and Yeast shows that our algorithm achieves good performance.
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