高维空间点覆盖方法在物种计算机自动分类中的应用

安 冬; 王 库; 王守觉

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高维空间点覆盖方法在物种计算机自动分类中的应用

论文 | 更新时间：2025-07-16

- 高维空间点覆盖方法在物种计算机自动分类中的应用
- A Alignment-Free Sequence Comparison Method Based on Whole Genomes and Its Application to Virus Phylogeny
- 电子学报 2006年34卷第2期页码：277-281
- 作者机构：
  
  1. 中国农业大学,北京,100083
  2. 中国科学院半导体研究所,北京,100083
  3. 中国农业大学北京,100083
  4. 中国科学院半导体研究所北京,100083
- 作者简介：
- 基金信息：
- DOI：
  中图分类号： TP391
- 网络出版：2006-02-25，
  
  纸质出版：2006
- 稿件说明：
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安冬, 王库, 王守觉. 高维空间点覆盖方法在物种计算机自动分类中的应用[J]. 电子学报, 2006,34(2):277-281.

AN Dong, WANG Ku, WANG Shou-jue. A Alignment-Free Sequence Comparison Method Based on Whole Genomes and Its Application to Virus Phylogeny[J]. Acta Electronica Sinica, 2006, 34(2): 277-281.
安冬, 王库, 王守觉. 高维空间点覆盖方法在物种计算机自动分类中的应用[J]. 电子学报, 2006,34(2):277-281. DOI：

AN Dong, WANG Ku, WANG Shou-jue. A Alignment-Free Sequence Comparison Method Based on Whole Genomes and Its Application to Virus Phylogeny[J]. Acta Electronica Sinica, 2006, 34(2): 277-281. DOI：

摘要

长期以来物种的分类主要依靠形态学方法

难以形成计算机自动分类.本文提出了一种基于高维空间几何分析的序列对比方法

并应用该方法对9个嗜肝病毒科病毒和14个花椰菜花叶病毒科病毒做出了进化树

结果完全符合国际病毒学命名委员会公布的病毒分类标准.在此基础上

本文探索性的提出了一种基于仿生模式识别的物种自动分类方法

并应用该方法对嗜肝病毒科病毒和花椰菜花叶病毒科病毒做了自动分类

正确分类率分别达到100％和94%.

Abstract

For a long time

the classification of species depends mainly on morphologic methods.And it is difficult to realize automatic species classification by using computer.This article puts forward a alignment-free sequence comparison method based on whole genomes and draws phylogeny trees for 9 Hepadnaviridae viruses and 14 Caulimoviridae viruses with this method.The results match the standard of virus classification published by ICNV.On this foundation

the article exploringly puts forward an automatic classification method of species based on pattern recognition and uses this method to do the automatic classification for Hepadnaviridae viruses and Caulimoviridae viruses.The correct classification rate reaches 100% and 94% respectively.

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